Dokuro-chan raconte l'histoire de Sakura Kusakabe, un étudiant en seconde année de lycée (l'équivalent en France tout du moins), qui, à un moment dans le futur, inventera accidentellement l'immortalité. De plus, toutes les femmes seront affectées de telle manière que ne vieillirons pas au delà de 12 ans (Sakura sera accusé entre autres d'avoir créé un monde pédophile). Mais ce speech assez décalé ne sera que l'élément déclencheur de notre histoire.
Dokuro Mitsukai, un membre d'une organisation d'anges assassins (Rurutie), a été envoyé depuis le futur pour le tuer. Cependant, elle a aussi le pouvoir de ressusciter les morts. Croyant que Sakura peut être sauvé dans son avenir, elle décide de ne pas le tuer pour le moment et d'emménager avec lui afin de le surveiller. L'histoire sera émaillée de la relation entre les deux personnages et de ressort comique (tel que les nombreux meurtres de Dokuro avec sa batte magique nommé Excalibolg).
